Esta área se encarga de gestionar el funcionamiento, mantenimiento y control de las plantas de tratamiento de aguas residuales de la Universidad Nacional. Las aguas residuales son aguas que han tenido un uso y su calidad ha sido modificada por agentes contaminantes. El tratamiento de estas aguas consiste en una serie de procesos físicos, químicos y biológicos que tienen como fin eliminar los contaminantes, de esta forma pueden ser vertidas a un cuerpo de agua o ser reutilizadas.

La Universidad consciente de esta necesidad cuenta actualmente con 9 plantas de tratamiento, de las cuales 8 son de lodos activados y una es un humedal artificial, entre estas se encuentran:

• Planta de Tratamiento de Aguas Residuales Omar Dengo

• Planta de Tratamiento de Aguas Residuales Escuela de Medicina Veterinaria (Humedal artificial)

• Planta de Tratamiento de Aguas Residuales CIEMHCAVI

• Planta de Tratamiento de Aguas Residuales San Pablo

• Planta de Tratamiento de Aguas Residuales Nicoya

• Planta de Tratamiento de Aguas Residuales Liberia

• Planta de Tratamiento de Aguas Residuales Pérez Zeledón

• Planta de Tratamiento de Aguas Residuales Pérez Zeledón Residencias

• Planta de Tratamiento de Aguas Residuales Coto.